La gestión de archivos es completamente nueva en Moodle 2, es conveniente formar a los docentes antes de la migración ya que van a tener que cambir su forma de trabajar. Ahora los archivos van directamente asociados al recurso, ya no hay una carpeta a la que subirlos, lo haces directamente como recurso, dentro de una página, una etiqueta, un glosario... allí donde tengas disponible el editor HTML puedes agregar un archivo. Además, si lo borras ya no tienes que ir a la carpeta de archivos del curso (que no existe), sino que se borra definitivamente. Una vez acostumbrado al nuevo sistema, te das cuentas que es mucho más potente y versátil.
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=199047#p868071
Unos tutoriales de la serie 2 que pueden ser útiles a tus docentes:
http://moodle.mejorqueperdereltiempo.es/
Si necesitas seguir trabajando de la misma forma que hasta ahora, puedes usar un sistema de repositorios, por ejemplo:
http://moodle.org/plugins/view.php?plugin=block_repo_filemanager
Más información:
http://docs.moodle.org/22/en/Repository
Saludos. Alfonso. (Sacado de la página oficial de ayuda de Moodle).
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